为从根本上防止微生物污染对苹果醋饮料生产质量造成的不利影响，需对苹果醋饮料生产设备的微生物污染风险进行分析，从而制定出更加科学有效的微生物管理机制。可利用巴氏杀菌方式，对苹果醋饮料生产设进行杀菌除毒，确保所制定的苹果醋饮料生产管理措施能够满足苹果醋饮料的具体生产要求。由于微生物的性能存在较大差异，部分微生物能够在高酸、高温下存活，一旦周边环境适宜微生物生存，将会产生大规模污染，因此需将生产设备定期放置在80～85°C的水中浸泡一段时间，有效消灭微生物。为从根本上规避苹果醋饮料生产过程中的微生物污染，还需加强对苹果原醋储存罐、运输管道的管理力度，对生产设备进行定期消毒。通过微生物耐热实验，发现部分微生物无法通过普通的消毒手段杀灭，因此可使用超高温灭菌或过滤等方式消灭病毒，也可在苹果醋饮料中加入无毒无害的防腐剂，对可能造成微生物污染的细菌进行抑制，从根本上保障苹果醋质量。